El Programa de Arqueología Histórica del PAQ se encarga específicamente del análisis de los restos materiales adscriptos a la época post-conquista. Considerando los nuevos hallazgos realizados por el equipo del PAQ en la zona costera de la ciudad se ha creado también el Programa de Arqueología Prehispánica, encargado del estudio de los restos arqueológicos adscriptos a momentos anteriores a la llegada de la colonización europea.
Dentro de las actividades de investigación del PAQ se incluyen no sólo los trabajos de campo realizados dentro del partido de Quilmes sino además el análisis de los restos materiales tanto de épocas prehispánicas como históricas. La incorporación de estudiantes de diferentes ciencias permite realizar investigaciones interdisciplinarias, incluyendo análisis físico químicos, biológicos, etnohistóricos, etc. El laboratorio del PAQ se encuentra ubicado en el primer piso de la Casa de la Cultura de Quilmes, Rivadavia 383. Como parte de las tareas de investigación, se realizan informes periódicos del avance de las investigaciones y se realizan publicaciones y presentaciones en Congresos y Jornadas.
El primer trabajo arqueológico y antropológico que se realizó en Quilmes fue en 1935 por intermedio de la Comisión Arqueológica Quilmeña, conformada por alumnos, docentes, profesionales e historiadores locales. Ellos estudiaron una serie de huesos extraídos donde la compañía de Obras Sanitarias había excavado a la altura de las calles Pringles y Matienzo
Las nuevas incursiones arqueológicas reiniciaron en 1995, con un equipo de trabajo dirigido por la Licenciada Zunilda Quatrín y la co-dirección de la Licenciada Mónica Cereda. Se excavaron numerosos sitios en la manzana histórica, lográndose recuperar una considerable cantidad de material arqueológico relacionado con la vida humana en la zona entre los siglos XVII y XIX
