Las Fuerzas Armadas conformaron 14 Comandos Conjuntos de Zona de Emergencia en el país y, a requerimiento de las provincias, ponen a disposición su logística, apoyos y experiencia en la solución de problemas en situación de crisis. En la provincia de Córdoba, el Comandante Conjunto de la Zona de Emergencia Córdoba tiene bajo su responsabilidad la provincia de guarnición y Santiago del Estero.
Forma parte también de la jefatura del Centro de Operaciones de Emergencia (COE) de la provincia, y en este doble rol es que puso a funcionar en una articulación y participación permanente a los miembros del estado mayor del Comando Conjunto con los miembros del COE. Cuenta con las unidades de la Fuerza de Despliegue Rápido que tienen su cuartel en Córdoba, con la Escuela de Tropas Aerotransportadas y de Operaciones Especiales, dependiente de la DEOP, y el Batallón de Arsenales 604.
El COE es un espacio en el que se coordina y articula la acción de los diversos sectores involucrados en la respuesta a la pandemia en la Provincia. Allí se centraliza y analiza la información, se generan protocolos y acciones concretas, en forma interdisciplinaria e interinstitucional. Depende del Gobernador correspondiente, quien delega la conducción en el ministro de Salud, y en él participan las áreas de gobierno e instituciones que se consideran necesarias para ejecutar las acciones de mitigación adecuadas.
